Федеральное медико-биологическое агентство осуществляет следующие полномочия в установленной сфере деятельности:

- осуществляет государственный санитарно-эпидемиологический надзор;

- в установленном порядке в пределах своей компетенции устанавливает медико-санитарные требования в отношении продукции (работ, услуг), ее характеристик, процессов ее производства, эксплуатации, хранения, перевозки, реализации и утилизации, сведения о которых составляют государственную тайну или относятся к охраняемой в соответствии с законодательством Российской Федерации информации ограниченного доступа;

- организует проведение мероприятий по выявлению и устранению влияния особо опасных факторов физической, химической и биологической природы на здоровье работников обслуживаемых организаций и населения обслуживаемых территорий;

- организует проведение медико-санитарных мероприятий по предупреждению, выявлению причин, локализации и ликвидации последствий чрезвычайных ситуаций, радиационных, химических и биологических аварий и инцидентов, распространения инфекционных заболеваний и массовых неинфекционных заболеваний (отравлений);

- организует ведение социально-гигиенического мониторинга;

- регистрирует лиц, пострадавших от воздействия особо опасных факторов физической, химической и биологической природы, в том числе подвергшихся радиационному облучению в результате чернобыльской и других радиационных катастроф и инцидентов;

- информирует органы государственной власти Российской Федерации, органы государственной власти субъектов РФ, органы местного самоуправления и население о санитарно-эпидемиологической обстановке и о принимаемых мерах по обеспечению санитарно-эпидемиологического благополучия в обслуживаемых организациях и на обслуживаемых территориях;

- готовит в установленном порядке предложения о введении (отмене) ограничительных мероприятий (карантина) в обслуживаемых организациях и на обслуживаемых территориях;

- проводит в установленном порядке конкурсы и заключает государственные контракты на размещение заказов на поставку товаров, выполнение работ, оказание услуг, на проведение научно-исследовательских, опытно-конструкторских и технологических работ, в том числе в области медико-гигиенического обеспечения работ по комплексной утилизации химических и атомных объектов, экологической реабилитации указанных объектов, а также работ, осуществляемых в рамках Федеральной космической программы;

- осуществляет в порядке и пределах, определенных федеральными законами, актами Президента РФ и Правительства РФ, полномочия собственника в отношении федерального имущества, необходимого для обеспечения исполнения функций федеральных органов государственной власти в установленной сфере деятельности, в том числе имущества, переданного федеральным государственным унитарным предприятиям, федеральным государственным учреждениям и федеральным казенным предприятиям, подведомственным ФМБА России;

- осуществляет функции государственного заказчика федеральных целевых, научно-технических, инновационных и специальных программ и проектов в сфере деятельности ФМБА России;

- организует оказание следующих государственных услуг в сфере медико-санитарного обеспечения работников обслуживаемых организаций и населения обслуживаемых территорий: медицинскую (включая дорогостоящие виды и лечение за границей), медико-социальную и лекарственную помощь, санаторно-курортное лечение и реабилитацию;

- организует работу в области защиты работников обслуживаемых организаций и населения обслуживаемых территорий от чрезвычайных ситуаций техногенного характера;

- организует проведение медико-социальной экспертизы;

- организует возмещение вреда, причиненного здоровью работников обслуживаемых организаций и населения обслуживаемых территорий в результате воздействия особо опасных факторов физической, химической и биологической природы (в том числе вследствие техногенных аварий и катастроф);

- организует проведение медико-биологических и химико-аналитических испытаний гражданского оружия и патронов к нему в части оценки допустимого воздействия на человека поражающих факторов этого оружия;

- организует деятельность по установлению связи заболевания (смерти) с профессией, а также причинной связи заболевания, инвалидности или смерти с воздействием особо опасных факторов физической, химической и биологической природы;

- осуществляет организационно-техническое обеспечение деятельности по вопросам международной гуманитарной помощи, осуществляемой в обслуживаемых организациях и на обслуживаемых территориях;

- осуществляет распределение в установленном порядке в отношении подведомственных организаций квот на этиловый спирт, головную фракцию этилового спирта и денатурированный спирт;

- осуществляет координацию проектов, осуществляемых подведомственными организациями за счет средств иностранных государств и международных организаций;

- ведет регистр работников, занятых на работах с химическим оружием;

- ведет радиационно-эпидемиологический регистр работников обслуживаемых организаций и населения обслуживаемых территорий;

- осуществляет экономический анализ деятельности подведомственных государственных унитарных предприятий и утверждает показатели экономической эффективности их деятельности, проводит в подведомственных организациях проверки финансово-хозяйственной деятельности и использования имущественного комплекса;

- взаимодействует в установленном порядке с органами государственной власти иностранных государств и международными организациями в установленной сфере деятельности;

- осуществляет прием граждан, обеспечивает своевременное и полное рассмотрение устных и письменных обращений граждан, принятие по ним решений и направление заявителям ответов в установленный законодательством Российской Федерации срок;

- обеспечивает в пределах своей компетенции защиту сведений, составляющих государственную тайну;

- обеспечивает в установленном порядке формирование мобилизационных запасов и резервов, а также мобилизационную подготовку ФМБА России, контроль и координацию деятельности находящихся в его ведении организаций по мобилизационной подготовке;

- организует профессиональную подготовку работников ФМБА России, их переподготовку, повышение квалификации и стажировку;

- осуществляет в соответствии с законодательством Российской Федерации работу по комплектованию, хранению, учету и использованию архивных документов, образовавшихся в процессе деятельности ФМБА России;

- организует конгрессы, конференции, семинары, выставки и другие мероприятия в установленной сфере деятельности;

- осуществляет функции главного распорядителя и получателя средств федерального бюджета, предусмотренных на содержание ФМБА России и реализацию возложенных на ФМБА России функций;

- осуществляет иные полномочия в установленной сфере деятельности, если такие полномочия предусмотрены федеральными законами, нормативными правовыми актами Президента РФ и Правительства РФ.

В соответствии с Положением о Федеральном агентстве по высокотехнологичной медицинской помощи Росмедтехнологии является федеральным органом исполнительной власти, осуществляющим функции по оказанию государственных услуг и управлению государственным имуществом в сфере здравоохранения в части разработки и реализации современных медицинских технологий, новых методов диагностики и организации оказания высокотехнологичной медицинской помощи (включая трансплантацию органов и тканей человека).

Росмедтехнологии находится в ведении Министерства здравоохранения РФ. Федеральное агентство по высокотехнологичной медицинской помощи возглавляет руководитель, назначаемый на должность и освобождаемый от должности Правительством РФ по представлению министра здравоохранения РФ.