Федеральное агентство по здравоохранению и социальному развитию осуществляет следующие полномочия в установленной сфере деятельности:

- проводит конкурсы и заключает государственные контракты на размещение заказов на поставку товаров, оказание услуг, выполнение работ, включая научно-исследовательские, опытно-конструкторские и технологические работы для государственных нужд в установленной сфере деятельности, в том числе для обеспечения нужд Росздрава;

- осуществляет в порядке и пределах, определенных федеральными законами, актами Президента РФ и Правительства РФ, полномочия собственника в отношении федерального имущества, необходимого для обеспечения исполнения функций федеральных органов государственной власти в установленной сфере деятельности, в том числе имущества, переданного федеральным государственным унитарным предприятиям, федеральным государственным учреждениям и казенным предприятиям, подведомственным Росздраву;

- организует деятельность государственной службы медико-социальной экспертизы, государственной службы реабилитации инвалидов и государственной службы реабилитационной индустрии;

- организует деятельность Всероссийского центра медицины катастроф;

- организует деятельность по профессиональной переподготовке, повышению квалификации медицинских (за исключением подготовки в ординатуре, аспирантуре и докторантуре для сферы здравоохранения в части разработки, реализации современных медицинских технологий и оказания высокотехнологичной медицинской помощи), санитарно-эпидемиологических и фармацевтических работников, работников сферы социального развития и курортного дела, а также отдельных категорий работников по вопросам охраны труда;

- организует деятельность по установлению причинной связи заболевания, инвалидности или смерти с воздействием радиации;

- организует деятельность по установлению связи заболевания с профессией;

- организует деятельность по возмещению вреда, причиненного здоровью граждан, пострадавших вследствие радиационных аварий и катастроф;

- осуществляет организационно-техническое обеспечение деятельности по вопросам международной гуманитарной помощи;

- осуществляет издание государственной фармакопеи;

- осуществляет распределение в установленном порядке в отношении организаций, подведомственных Росздраву, квоты на этиловый спирт, головную фракцию этилового спирта и спирт денатурированный;

- осуществляет ведение государственного реестра курортного фонда Российской Федерации;

- осуществляет экономический анализ деятельности подведомственных федеральных государственных унитарных предприятий и утверждает экономические показатели их деятельности, проводит в подведомственных организациях проверки финансово-хозяйственной деятельности и использования имущественного комплекса;

- осуществляет функции государственного заказчика федеральных целевых, научно-технических и инновационных программ и проектов в сфере деятельности Росздраву;

- взаимодействует в установленном порядке с органами государственной власти иностранных государств и международными организациями в установленной сфере деятельности;

- осуществляет прием граждан, обеспечивает своевременное и полное рассмотрение устных и письменных обращений граждан, принятие по ним решений и направление заявителям ответов в установленный законодательством Российской Федерации срок;

- обеспечивает в пределах своей компетенции защиту сведений, составляющих государственную тайну;

- обеспечивает формирование мобилизационных запасов и резервов в установленном порядке, а также мобилизационную подготовку центрального аппарата Росздрава, контроль и координацию деятельности находящихся в его ведении организаций по мобилизационной подготовке;

- организует профессиональную подготовку работников центрального аппарата Росздрава, их переподготовку, повышение квалификации и стажировку;

- осуществляет в соответствии с законодательством Российской Федерации работу по комплектованию, хранению, учету и использованию архивных документов, образовавшихся в процессе деятельности Росздрава;

- организует конгрессы, конференции, семинары, выставки и другие мероприятия в установленной сфере деятельности Росздрава;

- осуществляет функции главного распорядителя и получателя средств федерального бюджета в части средств, предусмотренных на содержание Росздрава и реализацию возложенных на Росздрава функций;

- осуществляет иные функции по управлению государственным имуществом и оказанию государственных услуг в установленной сфере деятельности, если такие функции предусмотрены федеральными законами, нормативными правовыми актами Президента РФ и Правительства РФ.

В соответствии с Положением о Федеральном медико-биологическом агентстве ФМБА России является федеральным органом исполнительной власти, осуществляющим функции по контролю и надзору в сфере санитарно-эпидемиологического благополучия работников организаций отдельных отраслей промышленности с особо опасными условиями труда (в том числе при подготовке и выполнении космических полетов по пилотируемым программам, проведении водолазных и кессонных работ) и населения отдельных территорий по перечню, утверждаемому Правительством РФ, и функции по оказанию государственных услуг и управлению государственным имуществом в сфере здравоохранения и социального развития, включая медико-санитарное обеспечение работников обслуживаемых организаций и населения обслуживаемых территорий, оказание медицинской и медико-социальной помощи, предоставление услуг в области санаторно-курортного лечения, организацию проведения судебно-медицинской и судебно-психиатрической экспертиз, донорство крови, трансплантацию органов и тканей человека.

Перечни организаций и территорий, подлежащих обслуживанию ФМБА России, утверждены Распоряжением Правительства РФ от 21 августа 2006 г. N 1156-р (504) и в настоящее время включают 343 организации и 50 территорий.

Федеральное медико-биологическое агентство находится в ведении Министерства здравоохранения РФ. ФМБА России возглавляет руководитель, назначаемый на должность и освобождаемый от должности Правительством РФ по представлению министра здравоохранения РФ.