Хламидии — мелкие коккобактерии, диаметром 250-300 нм, имеющие маленький геном — кольцевую днк, кодирующую синтез 500 белков.

Хламидии занимают самостоятельное положение среди прокариот. Длительное время из-за мелких размеров и облигатного внутриклеточного паразитизма хламидий считали крупными вирусами. Однако по ряду признаков (наличие клеточной стенки, рибосом прокариот, способность к синтезу нуклеиновых кислот, белков и липидов, характер энзиматической активности, наличие общего родоспецифического антигена, деление вегетативных форм, чувствительность к ряду антибиотиков) хламидии относятся к бактериям. По химическому составу хламидии сходны с Грам- эубактериями (содержат сходный липополисахарид), спор не образуют, капсулы не имеют, неподвижны.