Подвидовые таксоны:

Вариант (вар) — совокупность популяций микроорганизмов определенного вида, отличающихся по свойствам. Различают морфо-, гено-, ферменто-, серо-, био- (резистенс-, фаго-), эковары.

Штамм (нем. stammen — происходить, ствол, основа) — чистая культура микроорганизмов, выделенная из одного определенного источника (организма, окружающей среды). Другими словами, штамм — конкретный образец (изолят) данного вида.

Чистая культура — совокупность микроорганизмов одного вида или варианта, полученная из одного образца и содержащаяся в определенном объеме среды (напр., в пробирке). Выделение чистых культур бактерий необходимо для их идентификации.

После идентификации и определения свойств чистая культура становится штаммом. Разные штаммы одного и того же вида бактерий мо­гут отличаться друг от друга по ряду свойств (например, по чувствительности к антибиотикам, способности к образованию токсинов, ферментов). Штаммы имеют различия по месту выделения и времени выделения. При описании нового штамма один образец культуры в жизнеспособном состоянии должен быть сдан в официально признанную коллекцию культур.